市街地からほど近く、長崎港や水辺の森公園がある美しい場所に立地。世界的な建築家・隈研吾氏がデザインしたモダンな建物は数々の賞を受賞している。主な収蔵作品は、長崎ゆかりの美術とスペイン美術。ピカソ、ダリなどスペイン美術の作品数は東洋有数の規模を誇る。展示室以外は無料スペースで、長崎港が一望できる屋上庭園、長崎県産の有機栽培米や野菜を使用するなど産地や食材にこだわったメニューを提供するカフェ、日本ではここでしか買えないスペイン国立プラド美術館のミュージアムグッズや地元を代表する磁器・波佐見焼で作られたオリジナル食器など長崎県美術館にしかないアイテムを多数取り揃えるショップがある。