История университета начинается с 1998 года. Вуз начал функционировать как филиал Казахской государственной юридической академии. В связи с процессом оптимизацией и укреплением вузов в 2007 году произошел процесс слияния двух вузов города – Семипалатинского юридического института КазГЮУ и Семипалатинского университета им. М.О.Ауэзова. С 6 февраля 2009 года учреждения образования носит название «Казахский гуманитарно-юридический инновационный университет». 27 августа 2021 года Университет произвел ребрендинг и был переименован в честь видного общественного и политического деятеля, лидера движения "Алаш" Алихана Нурмухамедулы Бокейхана в Alikhan Bokeikhan University