Fakultas Kesehatan (FKES) Universitas Jenderal Achmad Yani Yogyakarta dahulu bernama Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (Stikes) Jenderal Achmad Yani Yogyakarta yang didirikan pada 15 Juni 2006 berdasarkan SK. Mendiknas Nomor: 084/DE/0/2006. Semua Prodi DI FKES Universitas Jenderal Achmad Yani Yogyakarta didukung dengan dosen pendidik yang berkualitas, kurikulum pembelajaran terbaru, dan terakreditasi Lembaga Akreditasi Mandiri Pendidikan Tinggi Kesehatan Indonesia (LAM-PTKes).