Nắm bắt được nhu cầu ngày càng tăng của thị trường phần mềm trong và ngoài nước đối với nguồn nhân lực chất lượng cao đặc biệt trong vai trò lãnh đạo, quản lý các dự án phần mềm lớn mang tính quốc tế, trường Đại học FPT đã nghiên cứu và tiến hành triển khai chương trình Thạc sĩ Kỹ thuật phần mềm (MSE). Chương trình có sự hỗ trợ đào tào từ phía Công ty phần mềm lớn nhất Việt Nam FPT Software và Viện Quản trị & Công nghệ FSB – đơn vị đã nhiều năm liền lọt vào top các trường kinh doanh hàng đầu khu vực và trên thế giới.