O Instituto de Biociências (IB) foi criado em 1969 com a Reforma Universitária. Da sua constituição faziam parte os Departamentos de Biologia, Botânica, Fisiologia e Zoologia, estabelecidos em 1934 na antiga Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras, e nela fundados quando da criação da Universidade de São Paulo. O Instituto de Biociências recebeu, em 1970, não apenas os membros dos referidos departamentos, mas também professores de disciplinas afins de outras faculdades, especialmente os botânicos da antiga Faculdade de Farmácia e Bioquímica. Além dos quatro departamentos iniciais, foi criado em 1976, pelo Conselho Universitário, o Departamento de Ecologia Geral, reunindo os docentes do IB mais voltados aos estudos ecológicos. O atual Curso de Ciências Biológicas, oferecido pelo IB, teve sua origem no curso de História Natural da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras. Além de suas atividades didáticas, o Instituto tem uma longa tradição de pesquisa.