La FUD orienta y ejecuta sus actividades en el marco de los siguientes principios que fueron tomados del Estatuto de la Federación Universitaria Docente (Estatuto de la FUD-UMSS, 2014:12).
*Autonomía universitaria
*Co-gobierno
*Libertad académica
*Independencia política, ideológica e institucional
*Interculturalidad
*Equidad
*Respeto a los derechos universales
*Verdad material