Le CRFJ est un établissement de recherche sous tutelle du Ministère de l’Europe et des Affaires étrangères (MEAE) et du Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). Appartenant au réseau des « Unités mixtes des Instituts français de recherche à l’étranger », il est également une unité de service et de recherche du CNRS.
Héritier d’une longue histoire, laquelle débute en 1952 par une « mission archéologique », le CRFJ devient ensuite le centre de recherche pluridisciplinaire qui demeure sa vocation depuis lors. Depuis plus de 30 ans, il a pour mission de mettre en œuvre et de soutenir des actions de formation et de recherche dans l’ensemble du champ des sciences humaines et sociales, autour d’axes privilégiés que sont notamment la préhistoire, l’archéologie et l’histoire du Levant sud et singulièrement de la ville de Jérusalem, ainsi que les études juives. Il est aussi un laboratoire privilégié de réflexion sur les sociétés contemporaines dans l’espace israélo-palestinien.