青雲殿座落於基隆西側的山腳下，佔地面積約10公頃，相當壯觀。車輛行駛於汽車路上往基隆山望，非常顯眼。其所在位置是濱二路，由汽車路與豎崎路交叉路口旁的坑尾巷（有「濱二路」指示牌）向下走約1,100公尺即可抵達。
青雲殿的沿革，最早是在濱二路23號靠近九號坑的王清泉（人稱「九泉仔」）師父家宅設有扶鸞儀式，信奉神農大帝，香火鼎盛，民國49年（1960年）4月11日，神明指示要蓋廟，當時已懷孕的主鸞-游賴女士，順著神明之指點，一路走在雜草叢生的基隆山上，沿途走至「鷹仔石」峭壁上，往下縱身跳到30公尺深的平地，高呼：「此地是我住駕聖址，廟座東朝西要建三殿，中線左右各伸36尺深39尺6寸」，言畢而醒。不僅人平安，胎兒也順利生產。當天有數十位信眾見證了這件事。之後就依照游賴女士在夢中跳下去的位置，開始動工，敦聘廖石城先生設計南式廟宇，民國53年農曆8月8日晉殿。當時尚未有九濱公路（即濱二路），蓋廟用的建材都是信徒以人工方式挑運上來，非常辛苦。
青雲殿歷來捐款全部存入建設基金，民國75年向台陽公司購土地10公頃，增建後殿玉皇大殿及神農大殿，共計六層樓高，聘請謝自南君繪製鳥瞰圖、委請建築師何伯村先生興建，工程龐大，歷15年完工。後殿為了方便行動不便的人前去頂樓拜玉皇大帝，還特地增設兩部電梯，是全省廟宇非常少見的設計。
本殿前殿主祀神農大帝，五穀仙童、製藥仙童、觀音佛祖、地藏菩薩摩訶薩。後殿六樓主祀玉皇大帝，三清道祖、三官大帝、太陽星君、太陰星君、文昌帝君。五樓主祀上古三皇。配祀神農、伏羲、黃帝，觀音大士、天上聖母、普庵祖師、郭聖王、關聖帝君、司命真君、孚佑帝君、豁落靈官、武穆王、文昌帝君、五聖恩主、玄天上帝、九天玄女、清水祖師。
本殿的輔聖效勞信徒皆為義務性，由於神蹟靈驗且服務熱忱，所以遠近香客絡繹不絕。
一般認為神農大帝是農業的守護神，卻在採金為主的鑛山發揚光大，常常讓人不解。主要原因是扶鸞替信徒消災解厄頗多靈驗，曾出現許多神蹟，常常轟動鑛區。昔日有人奉旨採集藥草提煉製作成丹丸供人求神治病，但今日為符合相關法規，就不再製作這些丹丸了，然而虔誠信徒仍然眾多。