O Museu da Geodiversidade foi criado em 2007 como parte das comemorações dos 50 anos de ensino de Geologia no Brasil. A princípio, fazia parte do Departamento de Geologia. Porém, sua vocação para a interdisciplinaridade fez com que passasse a integrar diretamente a estrutura do Instituto de Geociências da UFRJ a partir de 2010, estreitando o contato com outros departamentos e possibilitando a exploração de outras vertentes de exposição, de coleta de acervo e de plano educativo.