Pondok Pesanten Al-Multazam berdiri pada 19 Rabi’ul Akhir 1415 H./25 September 1994 M. Lembaga ini berada dibawah naungan Yayasan Pendidikan Islam (YPI) Al-Multazam Mojokerto yang didirikan oleh K.H. Makinuddin Qomari yang menjadi Pengasuh Pesantren.
Awal berdirinya pesantren ini berjalan dengan sistem belajar mengaji Diniyah ala pesantren salaf serta membuka lembaga pendidikan tingkat kanak-kanak (TK). Pada tahun 2003 program diniyah dikembangkan menjadi Madrasah Tsanawiyah (MTs) Al-Multazam, dan Sekolah Menengah Atas (SMA) pada tahun pelajaran 2006, keduanya menjadi program terpadu khusus putri Seiring dengan banyaknya permintaan dari masyarakat luas, pada hari Ahad tanggal 02 Desember 2012 M./18 Muharram 1434 H. Al-Multazam resmi memulai pembangunan asrama untuk Santri Putra yang berlokasi di desa Sambiroto Kecamatan Sooko Kabupaten Mojokerto dan menerima santri putra untuk jenjang pendidikan SMP pada tahun pelajaran 2013/2014.