Die Friedrich-Naumann-Stiftung für die Freiheit wurde vor über 50 Jahren, am 19. Mai 1958 als Friedrich-Naumann-Stiftung in der Bonner Villa Hammerschmidt von Theodor Heuss, Walter Erbe, Paul Luchtenberg, Reinhold Maier, Hans Wolfgang Rubin, u. a. gegründet. Ihr Name erhielt im April 2007 den Zusatz "für die Freiheit".
Seit 2000 hat sie ihren Sitz in Potsdam. Im Gegensatz zu den anderen Politischen Stiftungen ist sie kein eingetragener Verein, sondern hat die Rechtsform einer Stiftung des privaten Rechts. Die Gründer sahen sich als Stifter und nicht als Vereinsmitglieder. Sie wollten, dass das gestiftete Vermögen dauerhaft für die Erreichung des Stiftungszwecks bestimmt bleibt, an Friedrich Naumann zu erinnern und sich der staatsbürgerlichen Bildung zu widmen.