UPJŠ vznikla v roku 1959 ako druhá klasická univerzita na Slovensku. V súčasnosti má univerzita päť fakúlt.
Na univerzite sa realizujú všetky tri stupne vysokoškolského vzdelávania, t.j. bakalárske, magisterské, resp. doktorské a doktorandské štúdium. Bakalárske a magisterské štúdium je organizované ako prezenčné štúdium. Pripravuje sa však zavedenie dištančnej formy a kombinovanej formy výučby (na Prírodovedeckej fakulte). Edukačný proces sa realizuje v jazyku slovenskom, pre zahraničných študentov v jazyku anglickom.
Univerzita sa zameriava na kvalitný vedecký výskum, na základe ktorého uskutočňuje vysokoškolské vzdelávanie. V niektorých odboroch výskumnej činnosti dosahuje univerzita európsku úroveň.
Univerzita má bohatú medzinárodnú spoluprácu s akademickými inštitúciami takmer všetkých kontinentov.