Latar belakang didirikannya STAI Sadra adalah untuk memenuhi keinginan dan harapan masyarakat akan pendidikan tinggi Islam yang mampu memberi bekal pengetahuan keislaman, terutama yang berkenaan dengan Filsafat Islam kepada para calon sarjana, sehingga mereka mampu menerapkan dan mengembangkan keilmuan mereka di tengah masyarakat.
Hal ini mengingat, bahwa realitas lulusan Perguruan Tinggi Islam di Indonesia masih belum memuaskan. Pertama dipicu oleh kualitas yang belum memadai, sehingga sulit bersaing untuk mendapatkan pekerjaan. Kedua, adanya ambiguitas antara lulusan Timur Tengah–yang memiliki penguasaan yang baik terhadap ilmu-ilmu Islam klasik akan tetapi lemah dalam metodologi, dan pemikiran kontemporer dan lulusan Barat–yang menguasai metodologi dengan baik namun lemah dalam penguasaan terhadap ilmu-ilmu Islam klasik, sehingga hal ini melahirkan jurang antara alumni Timur Tengah dan Barat serta dualisme pemikiran Islam.
Padahal, kualifikasi lulusan Sarjana Islam yang dibutuhkan