السيد هادي المدرسي ولد ونشأ في مدينة كربلاء.
وينحدر من عائلتين اشتهرتا بالعلم، فمن حيث الاب؛ والده السيد محمد كاظم المدرسي الذي كان من العلماء في الثورة العلمية بمدينة مشهد ومدينة كربلاء العراقيّة حيث كان من تلامذة الميرز ال مهدي الغروي الإصفهاني وكان مدرّساً في المعارف الحقة المستنبطة من القرآن العظيم باحاديث أهل البيت استلهاماً من إمام العصر والزمان الحجة بن الحسن العسكري. فكان جده الأعلى السيد محمد باقر المدرسي من مراجع الدين، كما أن أخاه الأكبر السيد محمد تقي المدرسي هو أحد المراجع في وقتنا الحاضر أيضاً.و له ستة إخوة وهم ما بين مجتهد كبير ومدرّس قدير وخطيب مفوّه. ومن ناحية الأم، فهي تننمي إلى عائلة الإمام الشيرازي؛ العائلة المعروفة بالمرجعية الدينية في العالم الإسلامي. فجدها السيد مهدي الشيرازي، وخالها السيد محمد الشيرازي وكذلك السيد صادق الشيرازي. كما أن هناك خاله الآخر السيد حسن الشيرازي